立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。 一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。 在到达新岛之后，一名很像宝可梦中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城……

《精灵宝可梦：超梦的逆袭·进化》的故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世…

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

《精灵宝可梦XY》（ポケットモンスター XY）是精灵宝可梦系列动画的第五部，其蓝本是第六世代游戏《口袋妖怪XY》作品在日本东京电视台于2013年10月17日开始放送。是《精灵宝可梦：超级愿望》的续作。

"小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！！"

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。 之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。 随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....

《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。 　　这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 　　立志成为神奇宝贝训练大师的小智胸中怀着新的理想，带者皮卡丘终于来到了芳缘地方在路上认识了刚成为神奇宝贝训练员的小遥和她弟弟小正以及在路上会和的小刚结伴为了追寻梦想和冒险开始方缘地方的旅程……

日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。